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Das Biodiversität und Klima Forschungszentrum (BiK-F) wurde am 15. Februar 2008 von der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) als Träger der Senckenberg Forschungsinstitute und Naturmuseen (SFN) und der Goethe-Universität Frankfurt am Main (GU) gemeinsam beantragt.
Die Federführung bei der Antragstellung und die Funktion des wissenschaftlichen Koordinators für das Biodiversität und Klima Forschungszentrums übernahm Prof. Dr. Dr. h.c. Volker Mosbrugger, Generaldirektor der Senckenberg Forschungsinstitute und Naturmuseen. Administrativer Koordinator ist Dr. Johannes Heilmann (SGN).

Das Zentrum wird durch ein achtköpfiges Leitungsgremium gelenkt. Dessen Mitglieder sind (in alphabetischer Reihenfolge): Prof. Dr. Katrin Böhning-Gaese (Direktorin BiK-F), Dr. Johannes Heilmann (SGN), Dr. Thomas Jahn (ISOE), Prof. Dr. Dr. h. c. Volker Mosbrugger (SGN, GU), Prof. Dr. Andreas Mulch (Stellvertretender Direktor BiK-F), Prof. Dr. Wolfgang Oschmann (GU), Prof. Dr. Jörg Oehlmann (GU), Prof. Dr. Georg Zizka (SGN, GU). Das Leitungsgremium wird unterstützt durch den wissenschaftlichen Beirat (Prof. Dr. Volker Storch, Prof. Dr. Michael Wink, Prof. Dr. Hans-Joachim Poethke, Prof. Dr. Jörn Thiede, Prof. Dr. Christian Körner, Prof. Dr. Martin Claussen, Prof. Dr. Patricia Holm).