Projektgruppen

L-3.1 | BENTHOS BARCODING (2008-2011)

Schnelle und genaue Bestimmung von Arten ist der wesentliche Teil der Biodiversitätsforschung und zugleich seine größte Hürde. Traditionelle morphologische Identifizierung von Arten ist zeitaufwändig, kann nicht zwischen kryptischen Arten unterscheiden, hat ein Problem mit phänotypischer Plastizität innerhalb einer Art und hängt stark von Expertenverfügbarkeit ab. Zusätzlich enthalten Umweltproben häufig kleine Fragmente von Organismen, die meist nicht durch morphologische Kriterien identifiziert werden können. Auch kann die Konservierung von Proben mit Ethanol zu Verformung der Proben führen, welche die morphologische Identifizierung behindert.
Wir entwickeln eine automatisierte DNA Barcoding-Identifikationstechnik für die Artenzusammensetzung von Süßwasserbenthos. Zunächst wird eine Referenzbibliothek erstellt, welche die COI mtDNA-Sequenzen von Organismen des europäischen Süßwassers enthalten. In einem ersten Schritt erstellen wir DNA-Barcodes für Benthos Arten von Strömen von Mittelgebirgen, insgesamt etwa 500 Taxa. Diese Arten sind morphologisch von Experten vorher identifiziert worden.
Der nächste Schritt wird die Bestimmung der Artenzusammensetzung einer gemischten Umweltprobe des Makrozoobenthos über Next Generation Sequencing (NGS) mit Hilfe des Genome Sequencer FLX (Roche, Basel) sein. die Sequenzierung gemischter Spezies eliminiert den zeitaufwändigen Schritt der Sortierung.

 

Publikationen

Jansen, M., Bloch, R., Schulze, A. & M. Pfenninger (2011) : Integrative inventory of Bolivia’s lowland anurans reveals hidden diversity. - Zoologica Scripta 40, 567-583.

Jansen, M. & G. Köhler : Reptilia, Squamata, Amphisbaenidae, Amphisbaena cegei Montero, 1997, and Reptilia, Squamata, Teidae, Tupinambis rufescens (Günther, 1871): vertical range extension. CheckList 6(4):503-504.

Pérez-Losada, M., Bloch. R., Breinholt, J.W., Pfenninger, M. & J. Domínguez (2012) : Taxonomic assessment of Lumbricidae (Oligochaeta) earthworm genera using DNA barcodes. - European Journal of Soil Biology 48: 41-47.

Römbke, J., Aira, M., Backeljau, T., Breugelmans, K., Dominguez, J., Funke, E., Graf, N., Hajibabaei, M., Perez-Losada, M., Porto, P.G., Schmelz, R.M., Vierna, J., Vizcaino, A & M. Pfenninger (2015) : DNA barcoding of earthworms (Eisenia fetida/andrei complex) from 28 ecotoxicological test laboratories. Applied Soil Ecology

Schulze, A. & M. Jansen : A tadpole of Trachycephalus venulosus (Anura: Hylidae) as prey for a fishing spider (Araneae: Pisauridae) in the Bolivian Chiquitano Dry Forest. Herpetology Notes 3: 297-298.

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