Projektgruppen

8-1.6 | ENTWICKLUNG VON METHODEN DER METAGENOMANALYSE ANHAND EINFACHER SYMBIOTISCHER SYSTEME

Die Verwendung komplett entschlüsselter Genomsequenzen von Arten jenseits der klassischen Modellorganismen gewinnt in der Ökologie und Evolutionsforschung zunehmend an Bedeutung. Mithilfe der Hochdurchsatzsequenzierung können mittlerweile innerhalb kurzer Zeit umfassende genomische Sequenzdaten von einzelnen Organismen, symbiotischen Komplexen oder ganzen Lebensgemeinschaften generiert werden. Nach wie vor ist es jedoch schwierig, aus Gemischen von DNA Sequenzfragmenten unterschiedlicher Arten die jeweiligen einzelnen Genome zu rekonstruieren und funktionell zu beschreiben. Im Rahmen dieses Projekts verwenden wir Flechten als Modelle, um metagenomische Ansätzen der eukaryotischen Genomsequenzierung zu entwickeln. Wir generieren Metagenom- und Metatranskriptom-Daten von drei flechtenbildenden Pilzen, Lasallia pustulata, Pseudevernia furfuracea und Evernia prunastri, sowie ihrer trebouxioiden Grünalgensymbionten. Wir verbinden dann die Analyse der realen Datensätze mit der Analyse von entsprechend simulierten Daten, um so die Leistungsfähigkeit der verwendeten Algorithmen und Strategien in einer kontrollierten Umgebung abschätzen zu können. Mit dieser Studie wollen wir bioinformatische Ansätze evaluieren und entsprechend verbessern, die darauf abzielen, Einzelgenome aus metagenomischer DNA zu generieren.

Team

Bastian Greshake, BiK-Net Stipendiat
Dr. Jürgen Otte, Laborleiter
Prof. Dr. Imke Schmitt, Wissenschaftlerin
Dr. Francesco Dal Grande, Wissenschaftler
Prof. Dr. Ingo Ebersberger, Wissenschaftler

Publikationen

Dal Grande, F., Widmer, I., Wagner, H.H. & C. Scheidegger (2012) : Vertical and horizontal photobiont transmission within populations of a lichen symbiosis. - Molecular Ecology 21: 3159-3172.

Römbke, J., Jänsch, S., Höfer, H., Horak, F., Roß-Nickoll, M., Russell, D.J. & A. Toschki (2013) : State of knowledge of enchytraeid communities in German soils as a basis for biological soil quality assessment. - Soil Organisms 85: 123-146.

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